De acordo com o estado de decomposição dos cetáceos arrojados, a equipa da RAAlg recolhe diferentes tipos de amostras biológicas. Entre as várias categorias que fazem parte da amostragem, encontra-se a recolha de parasitas. Estes podem ser categorizados como endoparasitas ou ectoparasitas, de acordo com a zona do corpo onde são encontrados, isto é, se na parte interna ou externa do corpo, respetivamente. Após amostragem, os parasitas são preservados e armazenados, para que posteriormente se proceda à sua identificação.
A equipa da RAAlg tem vindo a identificar algumas das espécies de parasitas externos, dos quais são exemplo as cracas. A espécie Coronula diadema, uma das espécies de cracas identificadas, foi encontrada em duas baleias-de-bossa arrojadas durante os trabalhos da RAAlg, e a Xenobalanus globicipitis, uma outra espécie de craca, foi já detetada em espécies distintas de delfinídeos.
Para além destes, foram também identificadas duas espécies de “piolhos de baleia” os quais são crustáceos pertencentes à ordem dos anfípodes. A Cyamus boopis, um ectoparasita exclusivo da baleia-de-bossa, encontrado num indivíduo desta espécie arrojado em 2022, e a espécie Isocyamus deltobranchium, mais comummente observada em cetáceos com dentes (Odontocetes), encontrada numa orca cujo arrojamento foi registado no mesmo ano.
A recolha e análise dos parasitas detetados em animais arrojados, bem como a avaliação da carga parasitária dos mesmos, funciona como um complemento ao trabalho desenvolvido, fornecendo informações importantes no que respeita ao estado de saúde dos animais.